Dovresti davvero fare l'uno o l'altro. Per coerenza, oltre che per SEO, bene.
Forza il www.
RewriteEngine On RewriteCond %(HTTP_HOST) ^your-site.com (NC) RewriteRule ^(.*)$ http://www.your-site.com/$1 (L,R=301)
Rimuovere il www.
RewriteEngine On RewriteCond %(HTTP_HOST) !^your-site.com$ (NC) RewriteRule ^(.*)$ http://your-site.com/$1 (L,R=301)